1. К сожалению с колодцами дело не имел. Однако, по всем этим вопросам можно обратиться в местную административно-техническую инспекцию о процессе ввода в эксплуатацию водного объекта. Насколько мне известно, вопрос, скажем прямо, не совсем дешёвый. И всё же они всё расскажут от и до. Доведут цены, периодичность сдачи анализов и т.д.
2. Если колодец не питьевой, то и заморачиваться не стоит с СЭС и пр.
3. Налог на воду с СНТ никто брать не будет. Он не попадает под недра, а даже, если и попал бы, то в СНТ можно эксплуатировать колодцы, скважины бесплатно, вот здесь -
http://cnt-pischevik.ru/nalogvoda.html.
4. Есть ли необходимость регистрировать права собственности - не знаю. Надо ли? Что это даст садоводам? Это ведь как недвижимость. Его не продать, не перенести. В случае сноса СНТ дадут какие-то деньги за него. Во всех остальных случаях выручить за колодец деньги скорее всего не получится. Вы же не собираетесь сноситься? Но, первый пункт, при условии что колодец питьевой, полагаю надо выполнить.